ナノチューブ座標生成プログラム+可視化プログラム
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Updated: '02/12/5
(n,m)でカイラリティを指定して,ナノチューブのデカルト座標を生成するWindows用の
プログラムです.
チューブ長さとしては,ユニットセルか自由な長さが設定可能.
生成した座標の可視化用のプログラムもついています.
ついでに,座標作成過程でのグラファイトシートを巻いていくアニメーションも作れます.
下記のファイルをダウンロードしてください:
wrapping.zip (568 KB)
 |
(10,5) Nanotube:
tube length is 2xunitcell,
[nseps]=10 |
簡単な利用法:
- wrapping.zipをダウンロードしたら適当なフォルダに解凍してください.
インストールなどはなしでそのまま使えます.
- wrapping.exeを実行して,カイラル指数(chiral
index n, m),ボンド長(bond length a)
,チューブ長(tube length)と描画の時の境界の長さ(boundary
length)を指定します.
unitcellボタンを押すと,チューブ長と境界の長さを(n,m)に応じたunitcell分に設定します.
- Wrapping のその他のパラメータ
- 初期配置個数(initial matrix preparation)は最初に並べるポイント数で,大きめな値にしていただければ問題ありません.
(n, m)が大きな場合などで,できたナノチューブが欠けていたりしたら,大きな値にしてください.
- Magの大きさで,画面の倍率が変化します(計算操作説明用ですので出力結果には影響しません).
- Periodic and only final shapeのチェックを外すと巻いていく途中のデータも出力されます.
これを使うと巻いていくアニメーションができます.
- nstepsは,巻いていくデータのステップ数です.
- make pos.dat のボタンを押しますと,
swnt_pos.datというファイル名でアスキーデータを作ります.
// なお,swnt_pos.datのファイルは,最初の7行のヘッダーを無視しますと
// 単純なx, y, zの座標です.
- その後, Make pv fileを押しますと.コマンドラインで,
>hpvc.exe swnt_pos.dat swnt_pos.pv
を実行し,アスキーデータから可視化プログラム用のバイナリーデータを作ります.
- さらに,pvwinのボタンを押しますと,
pvwin.exe swnt_pos.pv
が実行され,pvwinで可視化ができます.
windows上でswnt_pos.pvのデータをpvwin.exeにドラッグ・ドロップして
頂いても同じです.
- あとは,pvwin.exeによって,拡大・縮小,回転,アニメーション,Bitmap出力,
windows metafile 出力などができます.
ここにあるpvwin.exeは,分子動力学法シミュレーションの可視化用プログラムの
サブセットです.
詳細は,可視化プログラムのホームページをご覧ください.
このプログラムはかなり汎用的なもので,我々のアニメーション集のデータもすべてこのプログラムで
作成しています.
---以下はpvwinの極めて簡単な使い方です----
- マウスでドラッグ,あるいは矢印キーで回転します.
- Shift - a で alpha, beta の角度を入力するとその角度に回転します.
- ctrl とマウスのホイール あるいは,+, -キーで拡大縮小します.
- f キーで フレームの表示のon/offを切り替えます.
- マウスのダブルクリックあるいは,aキーでアニメーションがスタートします.
- spaceとBackSpaceキーでそれぞれ順方向,逆方向にアニメーションのコマ送りです.
- g キーを押して,フレーム数を入力するとそのフレームになります.
- その他,viewメニューの下のサブメニューで分子を大きくしたり,ボンドを太くしたり,
消したり...いろいろできます.
- Ctrl-Cで現在のビューのbitmapをclipboardにコピーします.
- Ctrl-Mですと現在のビューをWindows Meta Fileとしてclipboardにコピーします.
- FileメニューのSave animationとすると,中止するまで,指定したフォルダに画面
で変化したbitmapを連続的に保存します.これを使ってgif
animationなどが簡単にできます.
- その他,メニューに従っていろいろとお試しください.
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