CPU, I/O 周りの性能は Linux の方が良いみたいですが，安定性では
Free BSD なんかの方がまだまだいいみたいです．
だからサーバとしては Free BSD の方が良かったかもしれません．
ただ，Web 上の情報は Linux の方が多いでしょう。
基本的に昔から Unix を使ってる人（特に sun-os 4.x を使ってた人）は
Free BSD を好む傾向にあります．
結局管理やなんかは Debian が一番楽です。apt-get
で自動的にパッケージのアップデートができるし，
ドキュメントもしっかりしている．
もちろん GUI を使いたいというのなら話は別ですが。